生物有机肥回收利用农业废弃物，减少环境污染，对人、畜、环境安全、，是一种环保型肥料。生物有机肥的生产原料很多。
生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
生物有机肥相比农家肥的优势生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。生物有机肥相比生物菌肥的优势生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放。
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